Flavius Josephus wurde als Joseph ben Mathitjahu ungefähr 37/38 n. Chr. in Jerusalem als Sohn einer angesehenen Familie geboren. Er ist Militärkommandeur in Galiläa während des Aufstands gegen Rom in den Jahren 66 - 70 n.Chr., der als Erster jüdischer Krieg (aus Sicht der Römer) in die Geschichte eingegangen ist.

67 n. Chr. wird er von den Truppen Kaiser Vespasians gefangen genommen, wechselt aber die Seiten und wird zu dem Berater der Römer bei der Besetzung Jerusalems. Um die Stadt und den Herodianischen Tempel zu schonen, versucht er vergeblich zwischen den verfeindeten Parteien zu vermitteln. Letztlich fällt Jerusalem in dem Jahre 70 n. Chr., und Josephus geht mit Titus, dem Sohn Vespasians, der in der Zwischenzeit das Oberkommando übernommen hatte, nach Rom. Dort erhält der das römische Bürgerrecht (daher der Name Flavius) und verbringt den Rest seines Lebens in Rom. Er bekommt vom Kaiser eine Villa und eine stattliche Pension, von der er gut leben kann. Er stirbt etwa um 100 n. Chr.

In Rom verfasst er mehrere Werke. Als erstes schreibt er in den Jahren 75 - 79 n. Chr. das Werk De bello Judaico in 7 Büchern, (Geschichte des jüdischen Krieges). Darin schildert er den langen Kampf der Juden gegen Fremdherrschaft, beginnend mit der Besetzung Jerusalems durch die Seleukiden unter Antiochos IV. Epiphanes in dem Jahr 174 v. Chr. und den anschließenden Aufstand unter Führung der Makkabäer. Nach etlichen kleineren Aufständen gegen die jeweilige Fremdherrschaft kommt es in den Jahren 66 - 70 n. Chr zu dem großen Aufstand der Juden gegen Rom, der als 1. jüdischer Krieg in die Geschichte eingeht und einen Großteil der 7 Bücher füllt.

In den folgenden Jahren bis 94 n. Chr. schreibt er Antiquitates Judaicae in 20 Büchern (Jüdische Altertümer). Darin schildert er die Geschichte des jüdischen Volkes von der Schöpfung bis zu dem Ausbruch des Aufstandes in dem Jahr 66 n. Chr. Dabei hält er sich weitgehend an die Schilderungen in dem Alten Testament, soweit diese historisch reichen. Für die Zeit danach, also die Zeit der Makkabäer oder Hasmonäer und vor allem für das 1. Jahrhundert vor und nach Christus, also die Zeit von Herodes dem Großen und seiner Söhne und für das Urchristentum, ist er die wichtigste Quelle.

Um das Jahr 96 n. Chr. erscheinen noch kleinere Werke, nämlich: Contra Apionem (Gegen Apion ), Über das hohe Alter des jüdischen Volkes, Über die Makkabäer und eine Selbstbiographie. In diesen Werken verteidigt er vor allem das Judentum gegen antijudaistische Vorwürfe.

Seine anfänglichen militärischen Erfolge wurden schnell vergessen, nach dem er die Seiten gewechselt hatte. Daher hat er und haben vor allem seine Werke in der militärisch besiegten jüdischen Bevölkerung keinen bezeichnenswerten Eindruck hinterlassen. Für sie war und blieb er ein Romgünstling und Verräter.

Seine tatkräftige Mithilfe zur Niederwerfung des ersten jüdischen Aufstandes machte ihn zu dem umjubelten Helden, der rechtzeitig auf die richtige Seite gewechselt hatte. Seine Werke wurden in Rom hundertfach kopiert und waren Bestseller der antiken Kriegsberichterstattung.

Mangels anderer zeitgenössischer Quellen aus Judäa und Galiläa stützt sich Eusebius von Caesarea in seiner Kirchengeschichte fast ausschließlich auf die Angaben von Josephus, soferne es sich nicht um Zitate aus den Büchern des Neuen Testaments handelt. Josephus ist für Eusebius sozusagen der Kronzeuge für die Ereignisse zu Lebzeiten Jesu und für die Zeit des Urchristentums.

Im Mittelalter erleben die Werke Josephus' eine wahre Hochblüte, besonders seit der Erfindung des Buchdrucks durch Johannes Gutenberg. Sie waren nach der Bibel die meistgedruckten und meistgelesenen Bücher.

Mit Beginn der Aufklärung und der zunehmenden Unabhängigkeit der forschenden Wissenschaften vom Einfluss der Kirche und kirchlicher Dogmen wurden speziell die zwei Stellen in Josephus' Schriften, die sich unmittelbar mit Jesus beschäftigen, kritischen Behandlungen unterzogen. Dieses so genannte Testimonium Flavianum (= Zeugnis des Flavius) wird je nach Blickwinkel und Einstellung des Behandelers unterschiedlich bewertet. Die einen betrachten es als eine christliche Einfügung (und daher nicht original von Josephus). Andere sehen darin eine von christlichen Kopisten ausgeschmückte Version eines kürzeren Originals von Josephus. Eine weitere Gruppe betrachtet es als einen verkürzten und korrumpierten (verstümmelten) Rest eines ursprünglich wesentlich längeren Originaltextes von Josephus.

Lion Feuchtwanger hat Flavius Josephus zur Hauptfigur in seiner als literarisches Meisterwerk geltenden Josephus-Trilogie (Der jüdische Krieg, 1932; Die Söhne, 1935; Der Tag wird kommen, 1945) gemacht.